Морфогенез (от греч. morph - «форма» и genesis - «образование») в биологии - процесс возникновения и развития органов, систем и частей тела организмов как в индивидуальном (онтогенез), так и в историческом, эволюционном, развитии (филогенез).
Морфогенез - это один из трех фундаментальных аспектов биологии развития, вместе с контролем роста клеток и их дифференцировки. В отличие от роста клеток и их диференциювання, которые могут иметь место в клеточной культуре или в опухолях, нормальный морфогенез наблюдается только в целом неповрежденном организме. Морфогенез определяет формы тканей, органов и целых организмов, как и относительное расположение частей организма и отдельных тканей в их пределах.
Исследование морфогенеза имеют целью понять процессы, которые управляют пространственным расположением клеток на протяжении эмбрионального развития организма, которые дают начало характерным формам тканей и органов и анатомии тела. В животном эмбрионе изменение от кластера почти идентичных клеток на стадии бластулы до пост-гаструляцийного эмбриона со структурированными тканями и органами руководствуется генетической «программой» и может быть изменена внешними факторами.